核燃機構（旧動燃）は幌延の深地層研究所について問われると、いろいろな地層で処分技術の研究開発することに意義があると言っているが。加えて、この法律の条文の中に「概要調査地区等を定めようとする時、あらかじめその地域を管轄する都道府県知事及びその所在地を管轄する該当市町村長の意見を聞き尊重する」という規定がおりこまれた。これによると、「当該概要調査地区など」を管轄する自治体が誘致方針をとった場合は、周辺市町村の意見は知事の意見形成過程で反映させるしかないということになる。

　さらに、核廃棄物の処分はこの法律によって国の権限であることが明碓になり、核抜き条例は宣言としての意味はあるにしても「原子力発電環境整備機構」の処分許可申請や内閣総理大臣の許可権限を制限することはできない。そもそも条例とは自治体の政策設定であり、明確でなければならないが、放射性廃棄物を「受けいれがたい」ではその解釈がわかれる余地をのこしており、明確に「受け入れない」としないとその宣言的効果もあいまいになる。だから平沼通産相は２４日の記者会見で「条例は安全性を重視したもので、持ちこませないと全面否定したものではない」と発言。

　また、核燃機構（旧動燃）との協定も新たに設立される原子力発電環境整備機構を拘束するものではないことは明白である。この協定はあくまでも幌延町の研究実施区域に限ったもので、深地層研究所に放射性廃棄物はもちこまないのは当初から明白であり、それを幌延町と道と核燃機構の三者で協定を結ぶだけであり、処分地選定とは全く関係ありません。